管理科学与物流系是在始建于1980年的管理科学与工程系（学科）基础上发展而来，1996年全国首批获管理科学与工程一级学科博士学位授予权的单位之一，同年被批准设立博士后流动站。2002年，被评为北京市重点学科，本学科点内设置的“国民经济动员学”学科被评为国防科工委重点学科。2004年，以本学科为主干力量，获得教育部“985”二期工程“国防科技管理与国防动员研究中心”哲学社会科学创新基地建设项目。2012年评为工信部重点学科。2013年5月更名为管理科学与物流系。与管理工程系共同建设信息管理与信息系统本科专业。

　　本系的主要研究方向有：决策理论与方法、系统可靠性与风险管理、知识管理与创新管理、复杂系统建模与管理系统工程、物流与供应链管理和商务分析。

　　全系共有教师14人，其中教授8人，副教授4人，讲师2人；其中有博士生导师10人、万人计划入选者1人、国家级教学名师1人、国防511人才1人、入选教育部新世纪优秀人才支持计划5人。